Nascida nas terras desbravadas pelo sertanista Romão Gramacho em 1792, há registros de que foi nesta região onde se encontraram os primeiros diamantes na então província da Bahia. O primeiro nome, dado pelo sertanista, foi Caiam-Bola (não se sabe a origem nem o significado), os primeiros habitantes eram garimpeiros e pessoas que trabalhavam na extração e comercialização de diamantes.

Por várias vezes, Brotas já figurou no cenário político nacional. Primeiro, quando das contendas entre o Coronel Militão Rodrigues Coelho e Horácio de Matos na segunda década deste século, disputas que trouxeram horror e mancharam de sangue cidades como Brotas, Barra do Mendes e Campestre (atual Seabra), e várias outras localidades. E ainda mais recentemente, nos terríveis anos da ditadura militar, quando foi assassinado no povoado de Pintadas o capitão desertor Carlos Lamarca e seu companheiro Zequinha, além de Otoniel (irmão de Zequinha) e Santa Bárbara, camarada de Lamarca e combatente da ditadura, foram brutalmente torturados José Barreto e Olderico (pai e irmão de Zequinha).

A economia da cidade, outrora próspera pela extração de diamante e ouro, assim como pela criação de gado, passou por várias crises. Merece destaque a agricultura na década de 50, com uma safra recorde de fumo na localidade de Lagoa de Dentro. A agricultura e a pecuária hoje são exploradas na região apenas para subsistência. Digna de nota é a extração de cristais de quartzo, atividade muito difundida nas décadas de 70 e 80.